Ich nehm dafür als Beispiel mal Kava her, welches ganz ähnlich wie Kratom von Tausenden gut vertragen wird, in einigen sehr seltenen Fällen hier in Europa aber für heftige Leberschäden (teils mit Todesfolge) verantwortlich gemacht wird. Kava wird schon seit Ewigkeiten traditionell von indigenen Völkern zB in Polynesien verwendet; darüber hinaus natürlich auch von der "ganz normalen" Bevölkerung dieser Regionen. Dort hat man aber von solchen Leberschädigungen noch nie gehört. Mehrere Studien zeigten auch ganz deutlich, das solche Leberschädigungen dort nicht vorkamen.
Ganz eindeutig kanns also nicht am Kava gelegen haben, richtig? Nicht unbedingt - aber gut möglich.
Es hat sich herausgestellt das die oberirdischen Pflanzenteile und die Rinde ein Alkaloid enthalten das eindeutig hepatoxisch ist; und bei den europäischen Kavapräparaten wurde auch die Rinde mitverarbeitet.
Daraufhin hat man alte Rückstellmuster dieser Präparate untersucht und festgestellt das nur irrelevante Mengen dieses Alkaloids enthalten.
Das kannst also auch nicht gewesen sein, richtig? Vielleicht doch, denn möglicherweise waren nur einige wenige Präparate mit größeren Mengen Rinde und damit dieses Alkaloids verunreinigt.

Dann bliebe noch die Möglichkeit von Toxinen produzierenden Schimmelpilzarten, solche die Aflatoxine und ähnlichen nasty stuff freisetzen. Das lässt sich rückblickend natürlich unmöglich sicher sagen.
Eine weite, sehr sehr viel diskutierte Möglichkeit war auch des garnicht am Kava lag, sondern and Vorschädigungen zB durch Alkoholismus - ein paar der Fälle hatten das, ein paar nicht. Genauso wie bei den Kratom-Fällen.
Darüber hinaus gabs noch eine GANZE MENGE an edjucated guesses und weiteren Ideen was die Ursache für die Schädigungen sein könnte. Sehr gut möglich und sogar wahrscheinlich ist auch das mehrere Faktoren zusammenkommen. Bis heute gibts da nichts definitives zu sagen, obwohl eine Menge Leute ein monetäres Interesse daran haben die Ungefährlichkeit von Kava nachzuweisen.

Das ist jetzt natürlich die Geschichte zu Kava, und nicht die zu Kratom - das dient auch nur als Veranschaulichung, das die Möglichkeiten wirklich sehr weitreichend sein können. Nur weil die Fälle rar sind bedeutet das noch lange keinen Ausschluss. Kratom ist kaum als ausreichend erforscht zu bezeichnen, ich hab zumindest noch nirgends eine komplette Aufzählung aller in Kratom enthaltenen Alkaloide und anderer möglicherweise pharmazeutisch wirksamer Substanzen zu sehen bekommen (die vertrauenswürdig aussieht), genauso wie die Möglichkeiten wie Mykotoxine oder Pestizide einfach nicht auszuschließen sind - womit auch keine Entwarnung für Kratom gegeben wäre, denn das würde ja bedeuten das Kratom mit zumindest beobachtbarer Regelmäßigkeit massiv verunreinigt zum Endverbraucher gelangt.